เนื่องจากในปัจจุบันการนิยามเรื่องของเอนไซม์ที่เป็น GMOs ในแต่ละประเทศยังแตกต่างกัน โดยปัจจุบัน เอนไซม์ที่ใช้ในอุตสาหกรรมน้ำตาลที่มีประสิทธิภาพดีทั้งในแง่การลดแป้งและต้นทุนของโรงงานนั้นใช้ เทคโนโลยีการผลิตที่เรียกว่า Self clone enzyme ซึ่งในบางประเทศถือว่ามีความปลอดภัยและไม่ติดปัญหาของ เรื่อง GMOs ซึ่งผู้ผลิตน้ำตาลต้องศึกษาข้อมูลเกี่ยวกับกฎหมายเรื่องของ GMOs ของประเทศค้าเพื่อใช้เอนไซม์ ได้อย่างถูกต้อง
สำหรับตัวเอนไซม์ที่เป็น Non GMOs (Original microorganism) นั้นสามารถใช้ในกระบวนการผลิตน้ำตาล เพื่อลดแป้งได้เช่นกัน ซึ่งจะตัดปัญหาในเรื่อง GMOs ได้ แต่อาจจะต้องใช้เอนไซม์ในปริมาณที่สูงกว่าเอนไซม์ที่ กล่าวมาข้างต้นเพื่อประสิทธิภาพในการลดแป้ง
การหลงเหลือของเอนไซม์เบื้องต้นสามารถตรวจสอบได้โดยการตรวจสอบปริมาณโปรตีนในสินค้าว่ามีมากกิน ค่าควบคุมหรือไม่ หากตัวโปรตีนที่ตรวจพบไม่ได้มีจากค่าควบคุมสามารถสรุปคร่าวได้ว่าไม่มีเอนไซม์หลง เหลืออยู่ หรือใช้วิธีการตรวจสอบกิจกรรมของเอนไซม์ในสินค้าซึ่งจะให้ผลที่แน่นอนกว่า หรือส่งตรวจรหัส พันธุกรรมของGMOs strain ข้อมูลขึ้นอยู่กับลักษณะสินค้าของผู้ผลิตแต่ละราย